En la época precolombina, el territorio del actual municipio de Nocaima estuvo poblado por los indios Panches. El nuevo pueblo de indios fue fundado por el oidor Alonso Vásquez de Cisneros, formado por los indios de Nocaima, Chapaima, Ubaima, Calamoima, Pinzaima y Nimima, el 3 de junio de 1605. En 1732 Nocaima era curato independiente. En febrero de 1777 se erigió en parroquia de blancos, a la cual hizo opción el cura José Torres Patiño, que era párroco de San Juan de La Vega.